食品无菌车间外源性污染源，主要是通过门和食品无菌车间内外通道侵入的室外空气。因此食品无菌车间的布置通常都采用按照工艺操作的关键程度，洁净度的高低由里往外逐级减弱，抵御室外污染空气的侵入。同时为物料和人员进出食品无菌车间设置相应的控制措施，例如物料的气闸、人员的无菌更衣系统以及室内废弃物传递出来的通道等。食品无菌车间内的污染源，主要来自于食品无菌车间内必要的操作人员和部分工艺设备，通常食品无菌车间内操作人员的四周区域是洁净度最差的区域，也是无菌技术中重要的控制内容。
食品无菌车间车间要求：
1、食品无菌车间总平面布置(布局)：
建筑物、设备布局与工艺流程三者衔接合理,建筑结构完善,并能满足生产工艺和质量卫生要求;原料与半成品和成品、生原料与熟食品均应杜绝交叉污染。
建筑物和设备布置还应考虑生产工艺对温、湿度和其分工艺参数的要求,防止毗邻车间受到干扰。
2、食品无菌车间高度： 生产厂房的高度应能满足工艺、卫生要求,以及设备安装、维护、保养的需要。高度不低于3m，建议高度3.5 m。
3、食品无菌车间占地面积： 生产车间占地面积不少于100m2。 建议生产车间面积达到150 m2以上，生产车间包括主要原料处理、加工、内外包装等加工车间，不包括办公室、化验室、原辅料仓库及成品仓库。（分装企业可以适当放宽要求）
4、生产车间地面应采用无毒、防滑、易清洗消毒的硬质材料铺设（如耐酸砖、水磨石、陶瓷砖、混凝土等），有一定的坡度，在最低处应安装有水封地漏，生产车间不得有积水；
5、生产车间墙壁要用浅色、不吸水、不渗水、无毒材料覆涂，并用白瓷砖或其他防腐蚀材料（如金属面聚苯乙烯夹心板、铝合金玻璃等）装修高度不低于1.50 m的墙裙。
食品无菌车间内天花板应与风管、管道、灯具、风口等的安装脱开，光滑、无裂缝，易于清洗。食品无菌车间的门窗材料应选择耐受性好、自然变形小、制造误差小、容易控制缝隙、气密性好的材料，最好采用双层中空玻璃结构的双层窗，既节约空间、又节约能源，还可以避免玻璃窗结露引起霉变，造成污染；窗尽量采用大玻璃，这样可减少积灰点，又有利于清洁工作。
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